HANYA ADA DI SMA MARSUDIRINI MUNTILAN:

1. Asrama : SMA Marsudirini Muntilan menyediakan asrama bagi peserta didik yang berasal dari luar daerah dan bagi peserta didik yang tergabung dalam program kerjasama. Asrama SMA Marsudirini adalah suatu tempat dimana para siswa bertempat tinggal dalam jangka waktu 3 tahun bersama dengan Pembina Asrama sebagai pengasuhnya dan pihak sekolah yang memberikan bantuan kepada para siswa dalam proses pengembangan pribadinya melalui proses penghayatan dan pengembangan nilai budaya.
2. Menyelenggarakan Pendidikan Kontekstual: siswa sebagai subjek belajar, sumber belajar mengutamakan lingkungan sekitar, pembelajaran bermakna dan berdampak.
3. Model Pembelajaran Kontekstual Berbasis Proyek :Menurut Daryanto (2009:407) cara belajar yang memberikan kebebasan berpikir pada anak didik yg berkaiatan menggunakan isi atau bahan pengajaran & tujuan yg direncanakan.  Siswa diajak membuat karya secara individu maupun kelompok yang terintegrasi dengan mata pelajaran. 
4. Sekolah memfasilitasi studi lanjut baik di dalam maupun di luar negeri dengan beasiswa. 
5. Pemetaan minat bakat di mulai dari kelas X dengan bantuan Lembaga Psikologi.
6. Pengadaan Gelar Karya setiap semester : siswa dilatih untuk presentasi, merancang hasil projek, menampilkan hasil karya projeknya disekolah maupun di masyarakat.